Acuzațiile împotriva Sfântului Ioan au fost aduse de doi diaconi din Constantinopole, pe care Sfântul Ioan îi excomunicase, pe unul pentru omor, iar pe celălalt pentru adulter. Cei doi diaconi au formulat aceste acuzații având făgăduința că vor fi primiți în Biserică; ceea ce s-a și întâmplat după exilarea lui Hrisostom.

I s-au adus 29 capete de acuzație, între care și acestea:

• că a vândut vasele sfinte ale Bisericii și a risipit veniturile Bisericii;

E adevărat, Sfântul Ioan Gură de Aur, pentru a veni în ajutorul celor săraci și pentru a zidi locașuri de asistență socială – spitale, aziluri pentru bătrâni, orfelinate și alte instituții de acest gen – a vândut unele vase ale Bisericii, care nu mai erau de folos și a întrebuințat veniturile Bisericii în scopurile amintite.

• că a insultat pe episcopi, alcătuind cărți calomnioase împotriva clerului;

Este vorba de lucrările Sfântului Ioan Gură de Aur în care condamna obiceiul împământenit în Constantinopol de a trăi sub același acoperiș clericii – episcopi și monahi  – cu călugărițele.

• că în Biserica Sfinților Apostoli a lovit în față pe Memnon așa de tare că i-a curs sânge din gură, după care a săvârșit Sfânta Taină;
• că intervine în eparhii străine și hirotonește episcopi;

Sfântul Ioan Gură de Aur a ținut la Efes, în anul 401, un sinod în care au fost depuși din treaptă episcopii simoniaci și au fost hirotoniți alții în locul lor.

• că mănâncă singur la masă și că nu este ospitalier;

Sfântul Ioan Gură de Aur mânca singur la masă din pricina bolii sale de stomac dobândită în anii sihăstriei sale în munții de lângă Antiohia; de multe ori voma în timpul mesei și nu dorea să facă și pe alții părtași suferinței sale.

• că primește în camera sa femei una câte una, fără să fie cineva de față;

În Scrisoarea către episcopul Chiriac, față de această acuzație exclamă: „Spun că m-am culcat cu femei. Debrăcați-mi trupul meu și veți găsi mortificarea mădularelor mele!” (MG. 52, 683).

• că nu se închină nici când intră, nici când iese din biserică;

Au adus această acuzație omului care învăța pe credincioșii săi că ceea ce este apa pentru pești aceea este rugăciunea pentru creștin.

• că mănâncă după Sfânta Împărtășanie anaforă;

Paladie, în „Dialogul său” (MG 47, 5 -82), spune că aceasta este singura acuzație adevărată din toate acuzațiile aduse Sfântului Ioan Gură de Aur. Într-adevăr, Sfântul Ioan recomanda credincioșilor săi ca după ce se împărtășeau să ia anaforă, ca nu cumva, fără să vrea, să arunce odată cu scuipatul (saliva) și rămășițele din Sfintele Taine.

• că a împărtășit pe unii după ce mâncaseră;

Tot în Scrisoarea către episcopul Chiriac Sfântul Ioan Gură de Aur, revoltat de această acuzație, spune: „Multe au tâlcuit împotriva mea! Spun că am împărtășit pe unii după ce au mâncat. Dacă am făcut una ca asta, să fie șters numele meu din cartea episcopilor, să nu fie scris în cartea credinței ortodoxe! Dacă am făcut una ca asta, să mă scoată Hristos din Împărăția Sa! Iar dacă tot mai susțin asta, dacă tot se încăpățânează, să-l doboare atunci și pe Pavel, care a botezat o întreagă casă după ce au mâncat! Să-L doboare chiar pe Domnul, Care după cină a împărtășit pe apostoli” (MG 52, 683).

• că a primit și are în Biserică păgâni, care au vorbit de rău pe creștini;

Dușmanii Sfântului Ioan Gură de Aur au transformat în acuzație râvna arhiepiscopului de a converti pe păgâni la creștinism.

Sfântul Ioan Gură de Aur, Omilii la Facere (I) – Cuvânt înainte, PSB vol 21, trad. Pr. D. Fecioru, EIBMOBOR, 1987, p.16.