Acesta fu chemat din Egipt şi se nevoi în deșert. În vremea persecuțiilor lui Dioclețian (284-305), guvernatorul Adrian porunci ca sfântul Pafnutie să îi fie adus înainte. Sfântul părinte, neașteptând după aceștia, se înfățișă singur înaintea guvernatorului pentru a mărturisii pe Hristos și pentru a primi muceniceștile cazne.

Sf. Mucenic Pafnutie Egipteanul, care a primit muceniceștile cazne pentru că L-a mărturisit pe Hristos

Dintre soldații care îl puseră la cazne, Dionisie si Calimachi, văzând puterea cu care Dumnezeu îl ținea pe sfântul mucenic neatins crezură în Hristos Mântuitorul ei înșiși, pricină pentru care le fură tăiate capetele. După aceste cazne, sfântul Pafnutie fu aruncat în închisoare unde  aduse la Hristos 40 de întemnițați care primiră mai apoi și ei cununa muceniciei prin arderea de vii.

După o vreme, arătându-se nevătămat prin grija lui Hristos, sfântul Pafnutie fu lăsat liber, iar un creștin pe nume Nestorie îl primi pe dânsul la sine. Acesta împreună cu familia sa, primind îndrumarea cea duhovnicească a sfântului, ajunseră curând dintre cei mai râvnitori în credință, primind până în sfârșit moartea cea mucenicească. Sfântul fu sfătuitor și întări în credință mulți alți creștini pentru a-L mărturisi pe Hrsitos și pentru a primi de Dumnezeu binecuvantatele cazne. Unii fură tăiați cu sabia, alții arsi de vii, iar cu toții fură în număr de 546.

Sfântul însuși fu aruncat de călăi într-un râu cu o piatră atârnată de gât, însă acesta se arătă plutind la mal cu piatra. În cele din urmă îl trimiseră pe sfântul mucenic înaintea împăratului Dioclețian însuși, iar acesta porunci ca sfântul Pafnutie să fie răstignit într-un smochin. Și astfel se mută la odihna cea de Sus gătită lui de Dumnezeu de unde pururea mijlocește pentru toți cei ce îi săvârșesc pomenirea cu credință.